本土寺は、もと源氏の名門平賀家の屋敷跡と伝えられ、建治３年（1277）、日蓮聖人の弟子日(にち)朗(ろう)を導師として招き、領内の地蔵堂を移して法華堂として開堂、日蓮聖人により長谷山本土寺と寺号を授かったのが始まりとされています。池上の長栄山本門寺、鎌倉の長興山妙本寺とともに朗門の三長三本の本山と称される名刹です。